Las inversiones públicas en innovación e investigación han sido recientemente percibida por los responsables políticos como una herramienta eficaz para el desarrollo de las regiones menos desarrolladas. En este artículo se examinarán los problemas en tres secciones principales. En el primero se revisará el debate sobre si los desequilibrios regionales pueden ser corregidos por las fuerzas del mercado y el papel que las estrategias regionales de innovación pueden jugar dentro de los programas de cohesión. En el segundo se discutirá la llamada "paradoja de la innovación regional" y los problemas de diseño e implementación de estrategias dentro de las regiones menos desarrolladas. En la tercera se identificarán 10 criterios que los directores de programas a nivel europeo, nacional y regional deben considerar al tratar de resolver esos problemas.